同軸減速機（同軸式減速器）的核心缺點集中在負載能力受限、散熱性能較弱、減速比范圍窄等方面，具體如下：
- 單級減速比范圍有限同軸減速機多采用圓柱齒輪傳動，單級減速比通常只能做到 3~10。如果需要更大的減速比，就必須設計成多級結構，這會讓整機的長度增加，抵消一部分 “結構緊湊” 的優勢，同時多級傳動也會小幅降低整體效率。
- 承受徑向 / 軸向載荷的能力較弱因為輸入輸出軸同軸的結構特點，其軸承布局和齒輪受力方向相對單一，抗徑向載荷、軸向載荷的能力遠不如直角軸減速機。如果負載端存在較大的偏心載荷或軸向推力，需要額外加裝軸承座或導向部件，否則容易導致齒輪磨損、軸承損壞。
- 散熱性能較差同軸減速機的殼體多為細長型結構，散熱面積相對較小；且多級同軸結構的內部空間緊湊，熱量容易在機內積聚。在長時間、高負載運行的工況下，需要額外配備風扇、冷卻油路等散熱裝置，否則會因油溫過高影響齒輪和潤滑油的壽命。
- 不適合大扭矩、重型負載場景受限于齒輪的嚙合方式和結構尺寸，同軸減速機的輸出扭矩有明顯上限。對于冶金、礦山、重型起重等大扭矩傳動場景，通常需要選擇行星減速機或直角軸的硬齒面減速機，同軸減速機難以滿足需求。
- 對安裝同軸度要求高雖然同軸設計簡化了對接流程，但如果電機、減速機、負載三者的同軸度偏差過大，會導致內部齒輪偏載嚙合，加劇磨損和噪聲，甚至縮短使用壽命。相比之下，部分法蘭式直角減速機對安裝偏差的容忍度更高。
